Les eaux continentales se partagent entre eaux saumâtres et eaux douces, et sont soit superficielles, soit souterraines. Grâce aux différentes caractéristiques de la ressource (luminosité, nutriments, température, salinité…), l’eau héberge une richesse faunistique et floristique très diversifiée.

Parfois, l’équilibre d’un écosystème aquatique peut être déstabilisé, le plus souvent à cause des activités humaines. La biodiversité est alors un bon indicateur de la qualité et du bon fonctionnement de l’hydrosystème.
L’étude des peuplements aquatiques, appelés bio-indicateurs, permet de définir des indices de qualité biologique et par conséquent d’apprécier l’état de santé de nos cours d’eau.

La région Poitou-Charentes possède divers milieux aquatiques abritant une faune et une flore remarquable. La disparition et la dégradation de ces milieux entraine la disparition de certains animaux et végétaux inféodés à ces milieux. Un des enjeux régionaux du patrimoine naturel est la préservation et la reconquête des zones humides.
Par exemple, sur les 49 espèces piscicoles présentes en Poitou-Charentes, on constate que 22 sont menacées, en particulier la Truite fario (Salmo trutta fario), sensible à la qualité des eaux et des habitats (Source : Conseil Supérieur de la Pêche, 1997).