Un écosystème aquatique est un ensemble d’organismes qui agissent réciproquement. Ils dépendent les uns des autres et de leur milieu.

Les êtres vivants se répartissent ainsi différemment selon les caractéristiques de la ressource (température, luminosité, débit, pente, nature du sol…).

La végétation des milieux aquatiques est très diversifiée et riche. Elle est composée de :

• phytoplancton,
• d’algues
• d’hydrophytes (la totalité de leur appareil végétatif est sous l’eau ou en surface) : citons par exemple le Potamot, le nénuphar (Nymphaea.sp) et le faux cresson (Apium nodiflorum).
• d’hélophytes (leur système racinaire est dans l’eau mais leur appareil végétatif est et reproducteur sont aériens) : citons par exemple l’Iris jaune (Iris pseudoacorus).
• de plantes amphibies (elles peuvent se développer dans l’eau et hors de l’eau) : citons par exemple le trèfle d’eau (Menyanthes trifoliata) et les roseaux.
  Les végétaux, producteurs primaires, sont à la base de la chaine alimentaire.

De plus les plantes jouent différents rôles sur les milieux aquatiques :

• épuration des eaux (Elles captent les nitrates et les phosphates pour leur croissance).
• oxygénation par la photosynthèse
• support de pontes et d’abris (poissons, amphibiens, insectes...). La végétation forme donc une multitude de microhabitats.
  La profondeur de l’eau, la température, la vitesse du courant, la nature du substrat, pH.... sont donc des caractéristiques importantes déterminant l’installation des différents types de plantes.

Un réseau de relations complexes entre les facteurs biologiques et physiques instaure un équilibre dynamique fragile et détermine l’espace de vie des espèces.
La vitalité de la zone aquatique dépend de la complexité de ce réseau où chaque être vivant trouve sa place et où chacun a besoin d’autrui pour se nourrir, respirer, s’abriter et se reproduire.

Des espèces dépendent de paramètres physiques différents selon leur cycle de vie.
Certains poissons migrateurs utilisent ainsi à la fois les eaux douces et les eaux marines pour accomplir leur cycle vital.
Certains d’entre eux se reproduisent en mer et grandissent en rivières ; ce sont les espèces thalassotoques (cas de l’anguille européenne (Anguilla anguilla)). Et d’autres se reproduisent en rivières et grandissent en mer ; ce sont les espèces potamotoques (cas du saumon atlantique (Salmo salar)).

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