La présence de telle ou telle espèce végétale ou animale dans un cours d’eau peut déterminer la qualité de ce milieu aquatique. Il s’agit d’un indicateur biologique qui est, par définition, une espèce végétale ou animale ou groupe d’espèces (groupe éco-sociologique) dont la présence renseigne sur certaines caractéristiques physico-chimiques ou biologiques de l’environnement ou sur l’incidence de certaines pratiques.
Ces organismes indicateurs dévoilent certaines propriétés de l’écosystème (pH, concentration de substances toxiques….). Leur disparition ou leur multiplication peut indiquer une variation des paramètres de l’environnement.
Par exemple il est intéressant d’étudier les plantes des berges. En effet, ces plantes sont révélatrices de la stabilité du niveau d’eau qui est nécessaire à leur développement.

L’étude des indicateurs biologiques permet ainsi d’analyser les différents degrés de dégradation (physiques, chimiques ou organiques) du milieu aquatique.

Plusieurs techniques sont régulièrement utilisées afin de surveiller la qualité fonctionnelle des milieux aquatiques :

• L’Indice Biologique Global Normalisé (I.B.G.N) basé sur l’étude des peuplements d’invertébrés et renseignant de la qualité des cours d’eau, du lit et des berges,
• L’Indice Biologique Diatomées (I.B.D) basé sur l’analyse des peuplements des diatomées benthiques,
• L’Indice Poissons Rivières (I.P.R), basé sur l’étude des peuplements de poissons et informant de la qualité de l’eau et de l’habitat,
• L’étude des macrophytes aquatiques.

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