Le « bon état » correspond à des milieux dont les peuplements vivants sont diversifiés et équilibrés. Il se rapporte aussi à une qualité des milieux aquatiques permettant la plus large panoplie d’usages : eau potable, irrigation, usages économiques, pêche, intérêt naturaliste … (Comité de bassin Loire Bretagne, 2004).
L’état est évalué au regard de l’état chimique et de l’état quantitatif de l’aquifère. Le bon état quantitatif d’une eau souterraine est atteint lorsque les prélèvements ne dépassent pas la capacité de renouvellement de la ressource disponible
Le « bon état » consiste à la fois en :
un « bon état chimique » de l’eau, lorsque sont respectées certaines concentrations de substances prioritaires (fixées par des directives européennes). Il suffit qu’un paramètre dépasse le seuil fixé pour que le cours d’eau ne soit pas considéré en bon état.
et un « bon (ou très bon) état écologique » apprécié selon des critères biologiques notamment. Les organismes vivant dans les eaux superficielles (poissons, insectes aquatiques…) sont les victimes et donc les témoins de la circulation des pollutions non détectées par les analyses physico-chimiques.
Les masses d’eau côtières et de transition sont des unités géographiques cohérentes, qui ont été définies sur la base de critères ayant une influence avérée sur la biologie :
critères hydrodynamiques (courant, marnage, stratification, profondeur,…),
critères sédimentologiques (sable, vase, roche,…).
Les éléments de qualité permettant de définir la qualité de l’état écologique d’une masse d’eau sont constitués aussi bien d‘éléments biologiques (phytoplancton, macroalgues, angiospermes, invertébrés, poissons) que physico-chimiques (température, oxygène dissous, nutriments, salinité, turbidité) ou hydromorphologiques.
La surveillance écologique s’effectue sous la responsabilité de l’Ifremer, à l’exception des éléments de qualité suivants : poissons (Cemagref) et hydromorphologie (BRGM).
Les diverses activités anthropiques qui s’exercent sur les bassins versants, le littoral et en mer déversent de façon chronique de nombreuses substances chimiques qui peuvent avoir un impact sur l’environnement et/ou la santé humaine. En effet, certaines substances provoquent une toxicité chronique ou aiguë chez les organismes marins, une diminution ou perte d’habitat et de biodiversité. La pollution chimique peut aussi entraîner des problèmes sanitaires : ingestion de coquillages contaminés, altération de la qualité des eaux de baignades…
La surveillance chimique s’effectue sous la responsabilité des Agences de l’eau.