Afin de suivre et de protéger les milieux aquatiques, des systèmes d’évaluation de la qualité (SEQ) ont été mis en place afin de juger la qualité des cours d’eau :

La qualité des cours d’eau est ainsi évaluée selon 3 volets :

• volet « eau », le SEQ-Eau, pour évaluer la qualité physico-chimique de l’eau et son aptitude aux fonctions naturelles des milieux aquatiques et aux usages,
• volet « milieu physique », le SEQ-Physique, pour évaluer la qualité hydrologique et morphologique des cours d’eau et le degré d’artificialisation du lit mineur, des berges et du lit majeur,
• volet « biologique », le SEQ-Bio, pour évaluer la qualité biologique des cours d’eau avec l’état des écosystèmes grâce à des bio-indicateurs tels que l’Indice Biologique Global Normalisé (IBGN) ou l’Indice Poisson.

Ce système permet d’évaluer la qualité des cours d’eau selon ces trois volets, d’identifier les dégradations de la qualité de l’eau ou du milieu physique entraînant les déséquilibres biologiques et de déterminer les conséquences d’une dégradation de la qualité du cours d’eau sur les fonctions naturelles du cours d’eau et sur les usages anthropiques.

Les concentrations des différents paramètres mesurés pour étudier la qualité de l’eau sont confrontées à des limites de classes, qui sont converties en indices de qualité.
Ces indices permettent d’évaluer la qualité de l’eau pour un paramètre, une altération (en retenant l’indice le plus faible obtenu pour l’ensemble des paramètres de l’altération) ou un ensemble d’altérations (en retenant l’indice le plus faible obtenu pour l’ensemble des altérations considérées).