Plusieurs outils juridiques de protection et de gestion ont été mis en place afin de protéger les écosystèmes aquatiques. Ces mesures ont été décidées au niveau international (convention de Ramsar…), européen (Directive Cadre sur l’Eau, directive « Habitats » prévoyant la création de Zones Spéciales de Conservation, directive « Oiseaux » prévoyant la création de Zones de protection spéciale…) ou national (loi sur l’eau, arrêtés préfectoraux de protection de biotope, réserves naturelles, sites inscrits ou classés, parcs nationaux, …).
Par ailleurs, selon la loi sur l’eau du 3 janvier 1992, des outils de planification et de gestion de la ressource en eau respectueux de l’équilibre écologique des milieux naturels ont été mis en place au niveau national :

• les schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) à l’échelle des bassins,
• les schémas d’aménagement et de gestion des eaux (SAGE) par unité hydrographique cohérente. En Poitou-Charentes, deux SDAGE et neuf SAGE sont appliqués. Il s’agit des :
• SDAGE Adour Garonne et SDAGE Loire Bretagne
• SAGE du Layon et de l’Aubance, SAGE de la Vienne, SAGE de la Sèvre Nantaise, SAGE de la Vendée, SAGE de la Sèvre Niortaise et du Marais-Poitevin.
• Le SAGE Charente, le SAGE Clain, le SAGE Boutonne et le SAGE Seudre sont en cours d’émergence et d’élaboration.

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