Des paramètres "indésirables" sont présents naturellement dans certaines nappes profondes, en particulier le fluor dans l'Infra-Toarcien, ainsi que le sélénium et l'arsenic (à des faibles teneurs) dans les aquifères du département de la Vienne. Les eaux sont fortement minéralisées le long du littoral, du fait de l'influence marine. En 2002 la qualité bactériologique est plutôt bonne.

Les concentrations en nitrates mesurées en 2002 ont été relativement constantes dans l'année, quelque soit l'aquifère. Les teneurs les plus importantes sont relevées dans le Jurassique moyen et supérieur. Elles sont faibles ou nulles en général dans les nappes captives. Localement des teneurs plus importantes peuvent être observées, vraisemblablement dues à des communications entre des nappes libres et des nappes captives (forages mal isolés, communication naturelle).
Diagramme de la quantification des nitrates. Réseau régional de suivi de la qualité des nappes. 2002. (Données Région Poitou-Charentes)

Une pollution par les produits phytosanitaires est constatée dans les eaux de la région. Près de la moitié des points observés sur le réseau régional (45 sur 96) font l'objet d'au moins un dépassement des seuils de potabilité (0,1µg/l/substance et/ou 0,5µ/l pour l'ensemble des substances) en 2001 et/ou 2002. Les teneurs les plus élevées se répartissent essentiellement dans les départements de la Charente et de la Charente-Maritime et au Sud du département de la Vienne. Il s'avère que les détériorations engendrées constatées en 2001 et 2002 ont été principalement les triazines et leurs produits de dégradation (herbicides). Quelques urées (diuron, isoproturon, chlortoluron) sont détectées moins fréquemment. Sources : BRGM et GRAP/ FREDON Poitou-Charentes