Il n’existe pas de classes de qualité prédéfinies pour les zones humides.
En Poitou-Charentes, les zones humides sont soumises à de nombreuses dégradations dont l’eutrophisation, due en partie à une mauvaise qualité des eaux superficielles, la qualité de l’eau pouvant se dégrader d’amont en aval du réseau hydrographique. Elles sont aussi soumises aux problèmes d’envasement, de déstructuration du réseau, d’une gestion basse des niveaux d’eau au printemps, qui favorisent le réchauffement dans les fossés, la diminution de la teneur en oxygène, et donc la mise en danger de la vie piscicole et faunistique.